Olá Cláudio, tudo bem?
Realmente, o pagamento pelo serviço deverá ser pago novamente, visto que o prazo máximo para cumprimento da exigência é de 30 dias. Acredito que todas as Juntas Comerciais obedecem esse procedimento, visto ser requisito de lei.
A título de conhecimento segue fundamentação para tal procedimento pelas Juntas:
Art.40 da Lei 8.934/94: " Todo ato, documento ou instrumento apresentado a arquivamento será objeto de exame do cumprimento das formalidades legais pela junta comercial.
§ 1º Verificada a existência de vício insanável, o requerimento será indeferido; quando for sanável, o processo será colocado em exigência.
§ 2º As exigências formuladas pela junta comercial deverão ser cumpridas em até 30 (trinta) dias, contados da data da ciência pelo interessado ou da publicação do despacho.
§ 3º O processo em exigência será entregue completo ao interessado; não devolvido no prazo previsto no parágrafo anterior, será considerado como novo pedido de arquivamento, sujeito ao pagamento dos preços dos serviços correspondentes."
Sempre a disposição!