Olá Rosana! Tudo bem?
Conforme dispõe o Art. 969 do Código Civil (Lei 10.406/02): "O empresário que instituir sucursal, filial ou agência, em lugar sujeito à jurisdição de outro Registro Público de Empresas Mercantis, neste deverá também inscrevê-la, com a prova da inscrição originária", bem com seu respectivo parágrafo único: "Em qualquer caso, a constituição do estabelecimento secundário deverá ser averbada no Registro Público de Empresas Mercantis da respectiva sede”
Assim não há a possibilidade de arquivamento no órgão de registro competente de encerramento da sede e somente permanecendo o da filial.
Neste caso sugiro que faça uma alteração do instrumento da pessoa jurídica onde há a mudança de endereço da filial para o CNPJ da matriz e o da matriz para a filial, e assim consequentemente, encerrando as atividades do CNPJ da filial onde passou ser as informações da antiga matriz.
Sempre a disposição!