Na constituição você vai informar o nire no final da página, onde pergunta do tipo de empresa que foi transformada e o nire.
Se você tirar um ficha cadastral no site da JUCESP, vai ver que permanece o mesmo nire e consta o desenquadramento do MEI.
No CNPJ você irá fazer as alterações necessárias para ficar de acordo com o cadastro web.
Quando for preencher os dados de CNPJ e município no início do DBE, você já precisa informar o tipo jurídico EIRELI e depois usar os eventos:
220 - Alteração do nome empresarial (firma ou denominação).
222 - Alteração do porte da empresa.
225 - Alteração de natureza jurídica.
230 - Alteração da qualificação da pessoa física responsável perante o CNPJ (no caso ficará evento 65 - titular).
E preencher o QSA fazendo a admissão do titular (evento 65 - titular)
Caso tenha mais alguma alteração é só marcar o evento correspondente.