Boa tarde Daniele.
Realmente, se sua empresa tem estas duas atividades, ela esta orbigada a ter os dois CNAE na sua lista de atividades, sendo o de industria o citado acima e o de comercio 4642-7/02 COMÉRCIO ATACADISTA DE ROUPAS E ACESSÓRIOS PARA USO PROFISSIONAL E DE SEGURANÇA DO TRABALHO, sendo que a atividade de industria na abertura será solicitado o laudo da CETESB, no estado de São Paulo, p/ a atividade de confecção não é necessario laudo da cetesb, o q vc tera de verificar no PF local se seu estado exige este laudo.
No mais a abertura é normal, como qualquer outra, somente tome o cuidado de verificar a necessidade do laudo da CETESB, e quanto a tributos, aumento somente o IPI, caso sua empresa seja optante pelo SIMPLES NACIONAL, é só selecionar na hora da geração da guia venda de produto, q ele ira agregar + 0,5% ao tributo, e é isso q a industria paga a mais.
Qto a suas costureiras, realmente, solicitar o cadastro delas no MEI é uma ótima pois não gerará vinculo empregaticio nem seus ônus, porém tome cuidado, pois se elas prestam serviços unica e exclusivamente p/ sua empresa, a jurisprudência trabalhista é bem ampla, ai vale avaliar por meio de um planejamento se não vale a pena registra-las.