Duvida sobre ter mais estabelecimentos (Simples Nacional)

Bom dia!!
Sou totalmente leigo nessa área e tenho algumas questões bem simples.
Meu irmão possui uma empresa Simples Nacional e ele abriu mais um estabelecimento na mesma cidade e outro em outra cidade. Três no total.
Se não me engano esses dois novos estabelecimentos estão como MEI.
Minhas duvidas:
Uma empresa simples Nacional pode possuir outros dois estabelecimentos ( sendo um em outra cidade) sem criar eles como filiais?
É mais vantajoso abrir filiais ou criar novos cnpj? (acredito que o faturamento total dos três ainda caberia no simples).
Quanto aos funcionários, como ficaria a questão de ser filial, eles poderiam trabalhar livremente em qualquer estabelecimento?

Agradeço muitíssimo as respostas.

Bom dia, Cristian, tudo bem? As MEIs que ele abriu NÃO estão no nome dele, correto? Quem é sócio de PJ não pode abrir MEI e também não pode abrir mais de uma MEI, para o mesmo CPF. Quanto às dúvidas:

Uma empresa simples Nacional pode possuir outros dois estabelecimentos ( sendo um em outra cidade) sem criar eles como filiais?
R: se esses estabelecimentos estão registrados como MEI, em nome de outras pessoas, são empresas diferentes e independentes entre si, cada qual com seu controle fiscal, tributário e contábil. Se esses outros estabelecimentos não forem MEI, a resposta é NÃO, pois nesse caso ele deverá registrar a abertura das filiais ou constituir empresas novas para esses locais.

É mais vantajoso abrir filiais ou criar novos cnpj? (acredito que o faturamento total dos três ainda caberia no simples).
R: depende de diversos fatores, administrativos, tributários, etc. Vocês precisam marcar uma reunião com um profissional contábil da localidade de vocês para verificarem a melhor alternativa.

Quanto aos funcionários, como ficaria a questão de ser filial, eles poderiam trabalhar livremente em qualquer estabelecimento?
R: não.

Aconselho você a buscar auxílio profissional de um contador, realizando uma reunião/consulta para alinhar adequadamente seus questionamentos aos objetivos da empreitada.

Espero ter ajudado!
Um abraço.

Olá Ricardo, tudo ótimo e o senhor?
Exatamente, os MEIs estão em outros nomes.
Com certeza irei conversar com eles  junto de um contador e analisar qual a melhor alternativa (filial ou novo CNPJ). 
Obrigado pela resposta, foi de grande valia!
Abraço!!