alvara de licença

boa tarde
estou entrando pela segunda vez no forum, esperando que dessa vez, V. Sa., possam me responder, com toda a experiencia que possuem.
tenho um cliente que constituiu uma empresa em 2009 na cidade de Itatuba-PA, empresa do ramo de organização de eventos.
em 02/02/2015 transferiu a mesma para Santarem-PA.
dessa epoca 02/02/2015 não movimentou a empresa, nem fez a inscrição municipal.
a empresa perante a Receita federal e Fazenda Estadual ficou INAPTA ate 12/2018.
para torna-la ativa, perante a Receita Federal, foi recolhida multa de DIPJ, entreguei as DCTF inativas de 2016, 2017, 2018.
recolheu-se as multas de DCTF inativas.
então foi liberado o CNPJ ATIVO.
em janeiro de 2019, foi exigido pela receita a entrega da DCTF. a qual enviei sem movimento.
então de jan/2019 a 072019 a empresa continuava sem movimento.
***em 12/08/2019 fez alteração de contrato: 
saiu o socio remasnecente
entrou dois socios novos
trocou a atividade para construção civil totalmente.
trocou o endereço
trocou o nome da empresa
permaneceu o mesmo CNPJ
***na tramitação da atualizações nas repartiçoes pelo REGIM, foi criadaa inscrição municipal em 12/08/2019. continuou a tramtação,pagou-se o alvará novo, passou pela SEMMA. todo o cadastro foi deferido.
***na emissao da certidao eis a surpresa. ficou impedida de emitir. querem os recolhimentos dos alvarás desde 02/02/2015 áte 12/2018.
***sei que V. sas., tem mais conhecimentos que eu no assunto, poderiam dar-me um seguimento por onde eu devo ir? como livrar a empresa desse entrave, visto que a mesma estava INAPTA, sem movimentação. 
agradeço desde já.
Ivone.

Boa tarde!!

Muitas prefeituras, a baixa da inscrição municipal é MANUAL, ou seja, montar o processo para baixa.

A empresa esta OK na RFB, independente, tem o âmbito municipal tbm, assim, como se tivesse sua inscrição estadual.

Exemplo:
Não adianta dar baixa na empresa, JUNTA, RECEITA, e esquecer dos demais órgãos onde se tem inscrição.

Da mesma maneira é como o Município. Independente o órgão não foi informado da Alteração de endereço, não realizou as demais tramites do processo de alteração contratual.  

Oque fazer?
Ir até o órgão e montar um processo para baixar os débitos em aberto, com a explicativa que não houve movimentos.

Rodolfo,
primeiramente obrigada pela resposta, ja me ajuda bastante para eu montar um processo junto a prefeitura.