Misterdan Farias Ferreira, bom dia.
Verifique no contrato, na parte de administração, se a assinatura é em conjunto ou separado, se for em conjunto, todos devem assinar.
Uma outra saída, pois eu acho que os auditores não olham o contrato social, deveriam, e ver quem é o responsável pelo CNPJ na receita e pedir para esse sócio, representante, assinar a procuração para o e-cac.
Essas são minhas recomendações e certame sobre esse problema.
Caso use este ou outro e, dando certo ou errado, e quiser voltar para nos informar e manter atualizar sobre como resolveu, será de grande valia para outras pessoas que tenham a mesma dúvida e se funcionou.
Espero ter ajudado.