Camilla Fernanda Meggiato , boa tarde,
Filial é parte integrante da matriz, deste modo recebe a mesma raiz de CNPJ Matriz, uma espécie de conglomerado que tem apenas um controle Empresa A (matriz).
Para melhor visualizar, não chame as filiais "B" e "C" de empresas, pois fazem parte da empresa "A" e não devem ser desmembradas recebendo a denotação de empresa, pois, a denotação empresa é única, que diverge, do conceito supracitado, de filial.
Não obstante, ao observarmos o balanço da sociedade (empresa) "A", ela contém as filiais "B" e "C", portanto, elas não poderão emitir balanços patrimoniais e demonstração do resultado sozinhas.
Para finalizar, as filiais "B" e "C" são partes relacionadas da empresa "Fulana Ltda", dentro do que colocou, sem analisar outros méritos, que deste modo, recomendo a leitura do CPC 05 ou IAS 24, salvo engano, para entendimento de partes relacionadas e se irá se aplicar ao seu negócio.
Só uma dica, em matéria tributária, você terá que que ver os conceitos de partes relacionadas para saber o enquadramento, pois pode mudar, algumas vezes chamadas de interdependência.
Espero ter ajudado!
