Boa noite Wanessa!
Pelo que entendi você pretende abrir uma empresa para prestar serviços de contabilidade.
Também entendi que você tem o seu certificado digital e-cpf.
Para você ter seu CNPJ não é necessário o CRC.
Você deve acessar o site http://www.redesim.gov.br/ e seguir o passo a passo.
A atividade de contabilidade é dispensada de inscrição estadual, e para a inscrição municipal não é obrigatória a apresentação do registro do escritório.
Porém, aqui na minha cidade, para o cadastro do escritório para entrega de declarações municipais (dos clientes), aí sim é necessário apresentar o registro do escritório e para ter o registro do escritório é preciso ter um contador responsável registrado.
Alerto que, por mais que vc consiga abrir o cnpj, inscrição municipal, e possa emitir notas fiscais de serviços, sem o seu registro profissional estará cometendo crime de exercício ilegal da profissão.
Como já está pensando em abrir um CNPJ, creio que já decidiu embarcar na profissão, logo faz sentido registrar-se no seu conselho.
Quanto às taxas, abri meu escritório recentemente e gastei com certificado dos bombeiros, alvará no município, taxa junta comercial, e registro do escritório no CRC menos de R$ 400,00, mas esse valor pode variar.
Espero ter ajudado.