Oi
Eu ja fiz dois processo parecido de mudança de endereço de RJ para SP (empresa limitada), e outro de PR para SP (empresa individual).
No primeiro foi registrado a transferência no RJ e no mesmo contrato foi registrado (protocolo da Junta) a entra em SP.
No caso de PR para SP foi feito dois documento, a transferência registada em PR e a entrada registra em SP.
Então primeiro se faz a transferência no estado que a empresa esta e depois a entra no destino, só nao sei te fala como é feita a questão de Requerimento/Contrato, mas acredito que se for individual vão ser dois requerimento, mas se for limitada o protocolo da junto vai no mesmo contrato.