Prefeitura recusa registro de empresa mesmo com a viabilidade aprovada

Bom dia colegas! Estou com uma situação pela qual nunca havia passado antes. Fiz a transformação de uma empresa que era empresário para sociedade limitada e alteração de atividades e endereço, sendo que a empresa saiu de Santo André e foi para São Caetano do Sul (cidade do ABC Paulista).
Todo processou correu normalmente, a viabilidade foi aprovada pela prefeitura de São Caetano, contrato registrado, receita e estado ok. Hoje fui na prefeitura de São Caetano e recebemos a negativa do registro em razão da atividade principal da empresa. Pergunto: a prefeitura pode fazer isso agora, uma vez que a viabilidade foi aprovada sem restrições, sendo a atividade estabelecida no local passível? Confesso que estou indignada. Desde já agradeço a todos.