Certidão Federal não sai mas empresa não tem pendências no E-cac, o que pode ser?

Pessoal,

Primeira caso que acontece isso, a  certidão da empresa não sai. Mas consultando o e-cac não tem pendência nenhuma, o que pode ser?

Se realmente não há pendências, entra no chat e esclarece, para sanar.

Boa tarde,

Ou se desejar pode abrir um processo digital solicitando a certidão e juntando a situação fiscal.

Boa Tarde!

Aconteceu exatamente o mesmo comigo: juntei o pagamento de uma multinha, que havia sido pago há 1 semana e enviei no dossiê. Foi rejeitado, afirmando que a negativa pode ser emitida via internet.
Hoje pela manhã consegui atendimento pelo chat, onde foi atualizado o cnpj na hora. Quando fui emitir a negativa, saiu positiva com efeito negativo (aff). E nada consta de débito. 
A atendente não soube explicar, o pq da demora da baixa do pagamento.
Amanhã vou consultar novamente p ver se foi atualizada a informação.