Boa tarde, Gleison!
Segue o link extraído diretamente do sítio da RFB onde você poderá obter informações acerca da alteração que desejas fazer.
www.receita.fazenda.gov.br
Bom, além de redigir a alteração contratual com a saída do sócio, claro, eu faria no caso a alteração no programa do CNPJ 3.0 (última versão) e geraria o DBE, sendo que, quando a alteração de CNPJ é promovida pela Junta Comercial a assinatura do DBE não precisa ser reconhecida em cartório. Depois é dar entrada na JUCEMG.
Ah, vale ressaltar que a data do evento a ser escrita no programa do CNPJ é a data de preenchimento do cadastro, para o caso de alteração de sócio.
Espero ter ajudado!