Transferência de empresa SP - RJ sendo Eireli

Bom dia a todos! 

Gostaria de saber se algum colega possui conhecimento de como proceder no caso abaixo, pois não sei como agir neste momento. 

A empresa em questão era uma Eireli estabelecida em SP e que mudou-se para o Rio de Janeiro. Trata-se apenas de ponto de contato pois o dono da empresa realiza as atividades fora do local (é engenheiro). 

Acontece que o processo de alteração estava voltando deferido da junta de SP quando houve a extinção das Eireli. Quando fui dar entrada no Rio de Janeiro e a taxa efetivamente paga, a Eireli já havia sido extinta. Logo, o DBE de alteração manteve-se como Eireli (e quando consulto na Receita Federal, ainda está como Eireli), mas na Junta Comercial do RJ não é possível dar entrada por não ter a opção Eireli na juntada de documentos. Se seleciono Unipessoal, aparece o erro que o tipo jurídico diverge do DBE. 

Uma vez que o processo em SP já está finalizado, as alterações para unipessoal aconteceriam de forma automática e a guia para entrada na Jucerja já foi devidamente paga, como eu poderia proceder para dar entrada no processo lá no Rio de Janeiro?

Alguma luz no fim do túnel?