Baixa de Filiais e Alterações na numeração do CNPJ

Boa noite! Por favor, veja se alguém pode me ajudar.
Preciso alterar um Contrato Social de uma empresa que possui a Matriz e 3 Filias com as sequências do CNPJ 0002, 0003 e 0004. Na alteração, vou ter que encerrar as Filiais 0002 e 0003. A empresa vai ficar somente com a Matriz e a Filial 0004. Posso deixar assim na Junta Comercial e Receita Federal, ou essa Filial 0004 vai ter que ser Filial 0002 para ficar a sequência correta da numeração? Se sim, como faço a Cláusula no Contrato Social?

Marcio

a  filial que ficará ATIVA  não altera a numeração, apesar das  filiais 2  e 3 serem baixadas

Márlus

Bom dia Márlus!
Muito obrigado!