NFEs, onde retirá-las?

Boa tarde!

Alguém saberia me dizer se uma empresa/transportadora que realiza entregas intermunicipais, localizada no interior de um estado, que no caso é o RJ, deve emitir nota fiscal eletrônica em qual prefeitura? Do Rio de Janeiro? do município onde a empresa está?
Pois em sua abertura, só foi emitida Inscrição Estadual, e ela não tem Inscrição Municipal. No entanto, vi que para fazer login na prefeitura do interior, o site pede inscrição municipal, porém, não temos.
A transportadora é da baixada/interior, mas vai entregar no estado todo. As prefeituras não sabem me informar. 
Alguém poderia me ajudar?

Kelly Mota
Boa tarde

Verifique na sua cidade, mas Prestação de Seriço de Transporte só em âmbito Municipal. Agora Intermunicipal e Interestadual é incidência de ICMs, neste caso há de ter sim inscrição Estadual , e emitir conhecimento de Frete. Se optante do simples o mesmo procedimento, só não destaque o ICMs.

No Regulamento do ICMs do seu  Estado tera um capitulo que trata do assunto. Cuidado com a forma de credito presumido caso  não seja optante do Simples.
Vai por este caminho que encontrará outras informações.
Vanil