André,
Acredito, que a recomendação por parte da Junta Comercial é por pura precaução uma vez que, quando efetivado o arquivamento (na Junta) vc deve também "registrar-se" na SUSEP e, já pensou se alguma das cláusulas dispostas no Contrato não está de acordo com os rituais de lá e tenha que ser modificada? Por isso, a preocupação da Junta Comercial...
O amigo André cogita a possibilidade da recomendação ter sido feita em função do nome empresarial... pode até ser mas, como as Juntas Comerciais só protegem "nome empresarial" e ignoram o "nome de fantasia", são poucas as possibilidades.
Enfim, acredito que seja pelo motivo que citei, mesmo porque, as Juntas Comerciais, oficialmente, não podem condicionar arquivamentos de atos à junção de pareceres de qualquer órgão de classe.