Uso de CNAE em relação a concessão de benefícios fiscais e classificação de seus produtos acabados

Bom dia a todos.

Existe a possibilidade de quee o CNAE da empresa seja determinante para a concessão de algum benefício fiscal? Ou até a classificação fiscal das mercadorias (NCM)?
Não tenho um exemplo prático, mas comecei a notar que nas estruturas de classes no site do IBGE, é dada uma lista de descritores, onde eles descrevem as atividades de forma mais detalhada, para a empresa nortear sua atividade e se enquadrar.
E ao utilizar uma ferramenta de revisor tributário, dá uma observação de que a NCM do produto não está relacionada ao CNAE da empresa. 

Se tiver alguma matéria ou interpretação desse caso, agradeço.
Abraços a todos.