Giovani,
Se a empresa em questão já está registrada no Cartório, o que vc tem que fazer, na verdade, é uma Transferência de Registro de lá para a Junta Comercial, e não outra constituição
Neste ato vc poderá sim, abrir um estabelecimento Filial e também terá de reproduzir nele, todas as cláusulas que compõem um contrato, pois na Junta Comercial terá tratamento de constituição tendo que anexar ao processo, inclusive, a busca prévia de nome empresarial.
O tal ato deverá ser arquivado, primeiramente, no Cartório onde está registrada a empresa e uma das vias ficará arquivada lá: as outras vias, devidamente chanceladas (ou etiquetadas, ou carimbadas...) pelo Cartório deverão ser levadas para arquivamento na Junta.
O ato em si é só um pouco diferente de uma alteração contratual "normal"; no título do documento; "Instrumento de Transferência do Cartório p/a Junta Comercial da sociedade ......"; no preâmbulo, depois de qualificar os sócios e a firma: "...resolvem transferir o registro da empresa para a Junta Comercial do Estado de .....,mediante as seguintes clásulas e condições:
Na 1ª cláusula, a disposição do sócios de efetivar a transferência deve ser - de novo - informada e caso o nome empresarial contenha SS (sociedade simples) deve ser alterado retirando-o.
É mais ou menos assim.
Qualquer dúvida sobre a elaboração do ato, retorne.
Recomendações.