Baixar CNPJ Falta de alteração contrato social junto a Receita Federal

Gostaria de saber se alguém tem experiência em como proceder com a baixa definitiva de um CNPJ, considerando que os sócios anteriores saíram do contrato social e novos sócios foram inseridos. O antigo contador fez a alteração contratual apenas na Junta Comercial, mas não atualizou a Receita Federal. A empresa está INAPTA, sem débitos fiscais, e não existe fisicamente desde 2007. Caso alguém tenha alguma orientação ou sugestão sobre como regularizar essa situação, ficarei muito grato pela ajuda.

Você vai montar um requerimento para a RFB solicitando a baixa, no requerimento deve conter a data do arquivamento do distrato social, você deve fazer também um DBE de baixa com a data do arquivamento voltado só para a RFB, anexe também um certidão simplificada da junta comercial para mostrar que o distrato é o último arquivamento. 
Depois acesse o e-cac e abra um processo digital, o serviço é CNPJ>atualizar, para acessar o e-cac utilize a conta gov.br do responsável legal. Boa sorte !!!

Obrigado, Lucas! Segui suas orientações à risca, mas, após várias semanas, recebi uma resposta da Receita Federal informando que a análise e o deferimento do documento devem ser feitos pela Junta Comercial. Fiquei um pouco confuso com essa informação. Você teria alguma dica sobre o que posso fazer nesse caso?

Luciano Francisco Me expressei errado. Pensei que você já tinha o Distrato social e apenas na RFB ainda não estava baixada. 
Então vamos lá, você vai fazer um DBE de alteração de QSA com a entrada dos novos sócios, voltado para a RFB e com a data do arquivamento dessa alteração, e enviar via e-processos no e-cac, enviar o contrato e o DBE, se não tiver o contrato enviei uma certidão simplificada.  Com a atualização do QSA você regulariza a empresa e o status ficará Ativo, ai é só seguir com a baixa normalmente, faz DBE, Distrato social e protocola na Junta Comercial. Outra opção você teria que ver com advogada para lhe orientar.