Baixa cnpj

Boa noite a todos, se possível poderiam analisar minha dúvida e por gentileza me auxiliem, tenho uma situação que o mei foi desenquadrado, e agora cnpj está inapto por omissão de declarações, apresentei todas aí agora preciso dar baixa no cnpj, como devo proceder?!

sendo que ele não fez nenhuma alteração contratual e foi diretamente para o regime tributário simples nacional.

Gessiane Santos Boa tarde. 

Veja se na ficha cadastral ele ainda consta como MEI, se sim. Você deve enviar a consulta de optante do simples nacional para a junta via fale conosco. 
A RFB pode desenquadrar a empresa da condição de MEI se a mesma não se mantem regular, como foi desenquadrado ele vira ME, então você deve fazer a baixa do empresário individual, fazer o DBE de baixa com evento de liquidação voluntária, preencher os formulários da junta, assinar o requerimento de empresário etc... e dar entrada no processo.