Olá, Boa Tarde!
Vinicius, você fará o processo de novo normalmente ok? Viabilidade nova, DBE, (não esqueça de cancelar o DBE do protocolo da exigência, pois a receita não permitirá seguir com o novo protocolo, visto que tem um em andamento com os mesmos dados), e quando o DBE novo deferir, você vai acessar o site da JUCESP, ir em registro digital, clique em CONSULTAR registro e coloque o protocolo que está em EXIGÊNCIA na pesquisa.
Ao fazer isso, o site informará que o protocolo da exigência foi cancelado e o questiona se você possui um novo protocolo. Você vai colocar que sim e digita o NOVO protocolo. Feito isso, ela te levará para a pagina inicial do processo, (aquela de preenchimento de endereço/ dados do sócio...) conclua o preenchimento e finalize, após isso, aparecerá a pagina da taxa constando já o pagamento feito, não sendo necessário novo pagamento da GUIA.
Espero ter ajudado!