Considerando a situação relatada sobre a alteração contratual interestadual (transferência de sede do Mato Grosso do Sul para São Paulo), esclareço que, em razão do equívoco inicial do antigo contador (utilização indevida de protocolo não aprovado e atualmente vencido), o procedimento tecnicamente correto é exatamente o que já foi iniciado pelo colega: realizar uma nova viabilidade diretamente pela Redesim, devidamente aprovada pelo município de destino (São Paulo), para dar continuidade ao procedimento de transferência interestadual. Com a aprovação dessa nova consulta prévia de viabilidade municipal e com o DBE atualizado e aprovado, você poderá prosseguir normalmente para protocolar a alteração na Junta Comercial de São Paulo (JUCESP), via sistema da Redesim, sem necessidade inicial de comparecimento presencial.
Contudo, ressalta-se que, diante do registro anterior incorreto realizado pela Junta Comercial do MS, poderá haver eventuais divergências cadastrais durante o processo, especialmente no cruzamento das informações da Receita Federal, que realiza validações rigorosas sobre atos anteriores e dados cadastrais existentes. Nesse sentido, caso a Receita Federal identifique a divergência gerada pela utilização anterior indevida da viabilidade, poderá ser exigido procedimento complementar como retificação do ato anterior na Junta Comercial de origem (MS) ou justificativa formalizada junto à Receita Federal. Recomendo, portanto, que mantenha arquivado o histórico completo da situação ocorrida, incluindo comprovantes e protocolos anteriores, para eventual esclarecimento junto aos órgãos envolvidos.
Por fim, ressalto que, em regra, não será necessária intervenção presencial inicialmente, uma vez que o processo via Redesim/JUCESP costuma ser totalmente eletrônico, salvo em situações excepcionais. Contudo, caso ocorra alguma inconsistência ou exigência decorrente do ato anterior, será necessário comparecimento presencial ou formalização eletrônica específica para justificar e resolver o conflito cadastral junto à Receita Federal ou Juntas Comerciais envolvidas. Estou à disposição para assessorar de forma especializada em todas as etapas deste processo, garantindo segurança jurídica e celeridade na solução dessa situação específica.