Abertura de instituição sem fins lucrativos

Bom dia, gostaria de saber qual a diferença entre o procedimento para abrir um CNPJ de uma instituição sem fins lucrativos. Tenho experiência com abertura de empresas, mas é a primeira vez que alguém me procura para fazer a abertura e contabilidade de uma instituição sem fins lucrativos e estou em duvida de como proceder, tem que ser feito o envio do estatuto? Se sim, de que forma?