É importante destacar que não existe transformação de natureza jurídica no desenquadramento do MEI, pois ele já nasce com a natureza de empresário individual. O que muda é apenas o regime de tributação e essa diferença precisa ser bem compreendida.
O processo tem início no Portal do Simples Nacional (ou no e-CAC, com acesso via Gov.br ou certificado digital). É nesse ambiente que o titular solicita o desenquadramento, definindo a data em que deixará de ser MEI. Essa data marca o começo das obrigações como optante do Simples Nacional, fora da condição de MEI.
Após o pedido, algumas Juntas Comerciais atualizam automaticamente a informação. Em outros estados, é necessário que o empresário faça o registro manual do desenquadramento.
Na sequência, para manter o CNPJ regularizado, é preciso elaborar e registrar um Instrumento de Alteração de Empresário Individual. Esse passo é essencial, porque o CCMEI deixa de ter validade, e sem um documento atualizado a empresa fica irregular, impossibilitada de realizar atos administrativos, como abrir conta PJ, emitir certificado digital ou assinar contratos.
Nesse instrumento, podem ser alterados a razão social (respeitando as regras do empresário individual), além de endereço, CNAEs e demais dados.
Somente após esse registro é que o empresário pode, se desejar, promover uma transformação de natureza jurídica (por exemplo, de empresário individual para LTDA).