Obrigações Acessórias de uma empresa de transportes

Olá, amigos

Preciso de uma orientação.

Uma empresa de transportes que era MEI caminhoneiro foi excluída do regime do MEI e perdeu o prazo para optar pelo Simples Nacional.
O empresário emitiu CTE de janeiro a Março, quais as obrigações acessórias que deve-ser enviadas para poder ser feito um parcelamento e a baixa da empresa?

Obrigada desde já, quem puder me dar uma orientação.