Sim, nesse caso a empresa deve apresentar apenas a Nota Fiscal da mercadoria. Quando o transporte é próprio, ou seja, quando a empresa está levando mercadorias de sua própria fabricação ou venda, sem cobrança de frete e sem prestar serviço de transporte a terceiros, não há necessidade de incluir CNAE de transporte nem de emitir documento fiscal de prestação de serviço de transporte.
Em uma fiscalização em posto fiscal interestadual, a regularidade da operação é comprovada pela NF-e da mercadoria devidamente emitida, com o CFOP correto de venda ou remessa interestadual e com a identificação clara do remetente e do destinatário. Não é exigido CT-e, pois não existe prestação de serviço de transporte, apenas transporte próprio.
É recomendável que o veículo utilizado esteja vinculado à empresa, ou que haja alguma comprovação desse vínculo, e que a nota fiscal indique que o frete é por conta do remetente, sem destaque de valor, para evitar questionamentos durante a fiscalização.