CNPJ de Igreja

Estou com um cliente querendo abrir uma igreja com o CNAE 9491-0/00 – Atividades de organizações religiosas ou filosóficas - esse CNAE vai enquadrar no 3° setor. A duvida e preocupação dele é que como ele já possui uma empresa de comércio no Simples Nacional, se a abertura desse CNPJ que ficará de fora do Simples (não é empresa que afere lucro para enquadramento tributário) afetará de alguma forma a empresa atual dele no Simples Nacional. Não consegui achar se ele poderá ou não abrir esse novo CNPJ sem afetar a empresa atual dele.