Utilização de mesmo CNPJ em áreas públicas distintas

Bom dia.

Uma empresa possui contrato de concessão de uso de área pública com o município. Sua atividade económica principal é “Fabricação de
outros produtos alimentícios não especificados anteriormente”.

Ocorre que a empresa passou a ocupar um segundo lote público, não contíguo ao primeiro, localizado na mesma rua, porém com numeração
distinta. No contrato social da empresa consta apenas o endereço da primeira área.

De acordo com a legislação municipal referente às concessões de uso de áreas públicas, não há impedimento para que a mesma empresa possa ter
mais de uma área concedida, desde que exista documento de concessão individualizado para cada imóvel, considerando tratar-se de áreas distintas.

Ressalta-se que:

- na primeira área a empresa realiza a fabricação dos produtos alimentícios;
- na segunda área (ainda em processo de regularização) a empresa apenas estoca os produtos fabricados. Como o município notificou a empresa para promover a regularização da segunda área, surgiram as seguintes dúvidas:

A empresa pode utilizar o mesmo CNPJ nas duas áreas ou seria necessária a abertura de uma filial para o segundo endereço?
Caso utilize o mesmo CNPJ em ambas as áreas, isso pode gerar algum problema perante a Receita Municipal ou outros órgãos fiscais?
É correto o município conceder um único alvará contemplando os dois imóveis vinculados ao mesmo CNPJ? 

Desde já, agradeço pela atenção.