Como baixar uma empresa que deixou de ser MEI

Ola pessoal, tudo bem? eu possuo uma empresa que era MEI e apos emitir algumas notas mas nao sabia o que fazer entao a empresa acabou entrando em lucro presumido...hoje ja nao necessito mais desse CNPJ e esta com guias atrasadas, quero resolver as pendencias e baixar a empresa, sou de santos - sp, alguem sabe me dizer como posso proceder?

Cauê,
O procedimento correto é finalizar o desenquadramento - se já não ocorreu -, regularizar as pendências e promover a extinção (baixa).
Isso contempla:
1. Consultar a situação na Junta Comercial (desenquadramento).
2. Realizar a pesquisa fiscal perante a Receita Federal. Eventualmente no Estado e no Município.
3. Entregar as obrigações acessórias pendentes (pesquisa fiscal).
4. Recolher débitos.
5. Extinguir (baixar).

Opcionalmente, mas não indicado, extinguir como está e aguardar a cobrança das pendências na pessoa física.

Muito obrigado Joao, consegui dar entrada no pedido de baixa como esta, vou aguardar as pendencias na pessoa fiisica!