Baixa de empresa em cartório

O cliente tem a baixa já registrada em cartório, porém não consegue a baixa junto ao CNPJ, devido um herdeiro (filho) não ter entrado no capital social, quando do inventário Foi feita a saída do sócio falecido e o  capital ficou todo no nome da sócia remanescente, que também é herdeira (esposa). Tentei fazer um DBE, redistribuindo a parte desse herdeiro no capital, além de uma carta explicando a situação, porém a Receita insiste em querer o instrumento de alteração, que não existe e não há como fazer, pois distrato já foi registrado. Qual o caminho para resolver essa questão ?