Boa tarde Toninho, para fazer a solicitação de baixa no CNPJ, primeiro você precisa preencher o PGD/CNPJ e enviar o arquivo para a Receita, depois de analisado e liberado o DBE, este deve ser assinado em 2 vias e reconhecer firma somente na 1ª, juntar a documentação (Distrato Social, DBE assinado e reconhecido firma, e espelho do PGD/CNPJ) e só depois criar envelope etiquetado e dar entrada na própria Receita ou nas parcerias. Aqui em Santos funciona desta maneira, acredito que seja assim por aí também.
O preenchimento pode ser feito por meio do programa disponível no site da Receita ou através da coleta online, aqui: www.receita.fazenda.gov.br
Espero ter ajudado, caso contrário volte a postar.