Olá Lorraine.
É possível sim, desde que conste no DISTRATO SOCIAL o encerramento de todas as filiais que a empresa possui.
No sistema da Jucesp (cadastro web) deverá fazer dois pedidos, uma para o encerramento normal (matriz) e outro para encerramento (filial).
Após isso, os pedidos deverão ser anexados em um só pedido (o sistema permite isso). Por fim, imprimir os formulários que o sistema apresentará, juntar o distrato, pagar as taxas devidas e dar entrada.
Pelo que acompanho, é desta forma que se procede. Caso outros colegas tenham outras informações a complementar, isso só enriquecerá este prestigiado forum.
Abraço.