Prezada Debora,
Em se tratando de uma relação matriz x filial, não há como escapar desta responsabilidade.
Abaixo destaco uma decisão judicial que trata do assunto (grifos nossos):
TJSP - Agravo de Instrumento AG Oculto SP (TJSP)
Data de Publicação: 26/07/2010
Ementa: PENHORA. Recusa de penhora sobre bem móvel.Requerimento de bloqueio judicial de valores. Cabimento.Preferência legal de dinheiro sobre todos os demais bens. Determinação de bloqueio judicial de valores da matriz por dívida da filial. Possibilidade. Matriz e filial são a mesma pessoa jurídica. Patrimônio único que deve responder por todas as dívidas fiscais, contraídas por qualquer estabelecimento.
Não há possibilidade de elaborar um contrato que separe estas responsabilidades, por se tratar da mesma pessoa jurídica.
A única forma de desfazer esta relação é cada filiada ter a sua própria personalidade jurídica e celebrar um contrato onde constem os direitos, deveres e responsabilidades de cada igreja.