Olá Lucy, boa tarde;
Entendo que não exista problema algum na constituição de uma empresa individual nas condições especificadas por você; O que pode ocorrer é o que acontece em nosso município, o tomador do serviço (Hospital, Cooperativa, etc. etc) não aceitar firmar contrato com empresas individuais, exigindo então a cosntituição de uma LTDA, isso requer pelo menos duas pessoas. Éssa atitude por parte dos tomadores visa evitar o vínculo empregatício, e assim ficarem livres de férias, 13ª, reclamações trabalhistas, etc);
Mas pelo que entendi o profissional não vai atender em clínica própria né? ele vai atender em outros locais definidos por terceiros, então sugiro os seguintes CNAES 8630-5/99 Atividades de médicos autônomos em unidades hospitalares e consultórios de terceiros; 8610-1/02 atividades de atendimento em pronto-socorro e unidades hospitalares para atendimento a urgências;
Quanto a tributação, para clínica médica ainda não pode ser enquadrado no simples nacional, então resta o Lucro Presumido ou Lucro Real;
Espero ter ajudado, sucessos.