Olá.
Conforme determina a Resolução CGSIM n° 2/2009 , artigo 2°, inciso V, o MEI não poderá participar de outra empresa como titular, sócio ou administrador. No entanto, o seu caso é diferente, você figurará como presidente de entidade sem fins lucrativos, o que juridicamente não é considerada como empresa.
Diante disso, acreditamos que não tenha problemas em ser presidente desta entidade.
Contudo, antes de fazer o Estatuto e a Ata, faça uma simulação via programa CNPJ, informando o nome da Entidade e vinculando o seu cpf como presidente. Envie o documento via receitanet e veja se o sistema acusará alguma divergência. Após ter feito isso, cancele o pedido para não ficar pendente no sistema.
Quanto ao procedimento acima, pode fazer sem medo, pois não esta infringindo norma alguma.
Outra alternativa, seria dirigir-se ao Plantão Fiscal da Receita Federal e tirar esta dúvida.
Espero ter ajudado.
Depois poste aqui para nossos colegas o resultado.