Marcus,
Que a empresa está "irregular" não tenha dúvidas, afinal, não atendeu ao comando da Lei 10.406/2002-artigo 2031 - (CCivil) para a ele adequar-se. Se essa "irregularidade" deságua em multas, sanções, etc, tenho minhas dúvidas, pois, perante a JComercial é que ocorre a maior (das irregularidades).
O maior transtorno que pode ocorrer, como vc mesmo já disse, é a perda do nome empresarial que pode ter ocorrido, do momento em que a JUCERJA "cancelou" a empresa, para cá. Espero que não tenha acontecido e vc descobre, solicitando a busca prévia (do mesmo nome) - terá que anexá-la ao processo de reativação.
Para reativar a sociedade, basta que reproduza o CSocial (como Alteração Contratual) de acordo c/o estabelecido no CCivil - algumas cláusulas tiveram seu teor modificado, a expressão "razão social" foi substituída por "nome empresarial", etc.
No site do DNRC encontrará disponibilizado um modelo de Contrato de constituição bem básico, mas que contem todas as cláusulas obrigatórias - oriente-se por ele. Caso queira/precise modificar algum dado, faça-o, no mesmo instrumento. No título, informe que está adequando:
"Alteração Contratual nº ... e Adequação à Lei 10.406/2002 da Sociedade Empresária .........."
Espero ter ajudado. Qualquer dúvida, poste novamente.
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