Tiago B
Embora seja correta a alegação do sócio quando estabelece que conste na Alteração na qual retirar-se-á que o motivo é a ñ integralização das suas cotas - fato - há de se considerar o que consta no Contrato Social: que o capital fora totalmente integralizado em moeda corrente.
Certamente não conseguirá - acredito eu - reverter/modificar essa informação na JComercial. São muito rígidos quando o assunto é capital social e uma rerratificação que refletisse a realidade, teria outras implicações.
Sugiro - apenas sugiro - que p/que se ganhe um pouco de tempo para resolver o imbróglio (exatos 180 dias), as cotas do sócio que quer retirar-se, sejam "cedidas e transferidas" para o outro, que poderá ficar sozinho pelo tempo acima citado. Veja o que estabelece o DNRC sobre isso: 
3.2.13.1 -    Sociedade unipessoal
Mesmo sem estipulação expressa a respeito, a sociedade reduzida a um único sócio, pela morte ou retirada dos demais, não se dissolve automaticamente, admitido o prazo de cento e oitenta dias, a contar do falecimento ou retirada, para que seja recomposto o número mínimo de dois sócios, com a admissão de um ou mais novos cotistas (art.1.033, inciso IV CC/2002).
Não recomposto o número mínimo de sócios no prazo de cento e oitenta dias, a sociedade dissolve-se de pleno direito, cumprindo aos administradores providenciar imediatamente a investidura do liquidante, e restringir a gestão própria aos negócios inadiáveis, vedadas novas operações, pelas quais responderão solidária e ilimitadamente (art. 1.036, CC/2002).
Percebeu?
Claro que deverá proceder uma pesquisa sobre as implicações de assim proceder, ou seja, como a cessão e transferência das cotas será feita como se integralizadas estivessem - e a gente sabe que não foram - veja como isso repercutirá no IR das criaturas envolvidas.
Caso opte pela solução acima, lembre-se que, além de poder reconstituir a pluralidade do quadro societário - admitindo um ou mais sócios (terá até 180 dias para isso) - também poderá (o sócio remanescente) decidir transformar-se em 
EIRELI ou em Empresário (antiga firma individual).
Avalie todas as possibilidades. Boa Sorte!
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