Olá Adriana!
Eu não vejo como perguntas diferentes, apenas a sua colocação é que está um pouco confusa, mas vamos simplificar isso?
o Topico 1 é: Se a filial pode ser indústria sem efetivamente industrializar nada, pois é uma extensão da matriz, a atividade realizada na filial é comercio e sempre será somente comercio, gostaria de cadastra-la como industria para obter os beneficios da
substituição tributária, pois ela revende para industria os materiais fabricados pela matriz e terceiros.(ferramentas)
Matriz e filiais não precisam ter a mesma atividades, pode ter sim as 2 ou 3 atividades, basta cumprir as exigências na abertura, responde as duas perguntas.
Se a empresa cumprir as exigências da CETESB e as outras terá a licença para a industria, aí se vai ou não iniciar as atividades não tem problema.
É que para a CETESB emitir a licença, a industria precisa estar com todas as máquinas instaladas e tem que apresentar um projeto das instalações e fazer o processo.
Olha, para isso precisa fazer um estudo, procure estes órgãos, exponha como deve ser esta industria e pergunte quais os procedimentos, as exigências para fazer o processo.
Você precisa fazer este estudo primeiro para ver a viabilidade.