Alvará de funcionamento

estou constituindo uma empresa e fiz todo o processo do regin, me foi liberado a viabilidade e procedi o registro na junta , receita estadual e corpo de bombeiro, porém quando foi dado entrada na prefeitura essa demorou quase 01 mes p/ me dar retorno e agora me negou o alvará alegando q a empresa não pode ser na zona rural, minha duvida é a seguinte a prefeitura pode fazer isso? Será q posso recorrer judicialmente, pois me cliente gastou com todo o processo; a prefeitura em questão é a de Linhares/ES
e a atividade da empresa é serralheria

Neste casos, tem que averiguar a legislação do municipio, em alguns municipios, determinadas atividades são proibidas de funcionar em areas residenciais, no seu caso, o melhor é solicitar da Prefeitura a cópia do processo indeferido com embasamento legal para a não liberação do alvará de funcionamento.