Extinção de filial em outra UF

Bom dia, pessoal
Estou tentando dar baixa em uma filial com sede em outra UF. A matriz nos enviou uma alteração contratual, onde consta o encerramento da filial,alteração nos dados dos sócios e saida e entrada de sócios.
Fiz normalmente um DBE de baixa, mas a JUNTA, me orientou que teria que ser feito dois DBE, um constando a alteração que seria registrado, e o outro de baixa que será deferido pela RFB. Mas ainda estou con duvidas em relação ao que procedimento efetuar.
Alguém poderia me esclarecer essa questão da baixa de filial?

Obrigada!