Procedimento de conclusão de Alteração do requerim

Boa Tarde.

Amigos estou com duvidas em relação a continuação das alterações para um requerimento de empresario ocorre em campinas - SP que está empresa teve problemas com alvará e com a vigilância sanitária, então resolvemos fazer alteração contratual dos CNAE 4712100 e CNAE 4711302 e 4723700 para o CNAE 5611202 e 5611201, para ter menos exigências da prefeitura e vigilância. porém como sou nova no ramo não sei qual seria o proximo caminho já que a empresa não precisa de I.M. Poderíamos fazer alteração diretamente no estado, das respectivas atividades e solicitar o alvará na prefeitura? qual é a ordem normal nos próximos passos? a Junta Comercial aprovou a alteração. porém so faltam os passos seguintes
Grata
Camila

A ordem seria :

- Junta
- RFB
- Estado
- Municipio
- Demais órgãos caso necessite (corpo de bombeiros, vigilância sanitária etc).

Obrigada