Bom dia Kelly,
Primeiramente para a abertura da Filial, você terá que solicitar uma Busca de Nome no estado do Rio de Janeiro, e após isso:
- Alteração no Contrato Social da empresa informando que foi aberta uma Filial em tal Estado com tal endereço,etc;
- Registrar a alteração na Junta Comercial do ES e do RJ;
- Cadastrar o CNPJ da filial;
- Fazer a Inscrição Estadual da filial(RJ);
- E depois o Alvará de Funcionamento para a filial.
Porém não é possível fazer todo esse processo somente pela internet, pois você deve mandar a Alteração para a Junta Comercial de cada estado, que no caso do RJ vai ter que ser por Correio.