Fábio, algumas produtoras de software para escritório contábil possuem módulo com a proposta de ajudar nisso, mas provavelmente terá custo.
O bom e velho Excel, se tens um conhecimento intermediário, pode te ajudar a controlar o que cada colaborador de seu escritório deve fazer.
Contudo, tanto via software como Excel, terás o controle do que deve ser feito, mas não necessariamente do que foi feito. E é exatamente esse o seu problema: X marcado mas tarefa não efetuada.
Se for via software e a meta fiscal por atendida através dele, talvez haja o registro de atendimento. Contudo, no caso do envio for uma obrigação ao Fisco, isso não terá, pois a ação está fora do software.
Eu recomendo adotares para todos os clientes a utilização da biblioteca gerenciável de arquivos eletrônicos que, somando a um sistema gerenciador da biblioteca, poderás aplicar filtros que demonstrem, por exemplo, quantos SINTEGRA's - utilizando do seu exemplo - de determinada competência possuem recibo de entrega. Assim, será menos complicado saberes o que não foi entregue.
Para isso, precisarás ter procedimentos internos adequados e, pelo menos, a confiabilidade em sua equipe para não gravar um arquivo que deveria o comprovante mas não tem, ou tem de outro cliente. Porém, com a proposta de auditoria de procedimentos internos, no seu caso, bastará abrir o arquivo e validar se lá consta o recibo ou não.
Esse é um bom sistema de gerenciamento de arquivos: https://www.meusarquivosnaweb.com.br.
Vou escrever um artigo sobre esse tema nos próximos dias e postar aqui no portal.
Sucesso!