Certamente a melhor forma é com sistema de automação.
Vantagens:
- Importação dos documentos fiscais para o sistema de automação (hj em dia existe, além do velho sintegra, os arquivos do sped fiscal, tipo mfd e xml, além de outras opções que os sistemas de automação comercial que seus clientes utilizam podem disponibilizar) agilizando o trabalho de digitação das informações;
- Facilidade na conferência dos dados importados/lançados por oferecer uma interface mais simples e dinâmica que os programas do governo e relatórios diversos;
- Geração de arquivos para as diversas obrigações acessórias que o fisco lhe exige, referente às mesmas informações (evita retrabalho).
Se existe algum gratuito, talvez não seja tão bom ou completo quanto os pagos. Se há algum gratuito, peço que os colegas indiquem, pois desconheço.
Amigo Bruno, creio que o investimento vale a pena, procure uma software house que ofereça um bom suporte em sua região.