Sistema ERP e Ordens de Serviços com NFSe emitidas via site

Senhores,

Meu sistema ERP hoje é usado exclusivamente para venda de produtos e emissão de notas fiscais eletrônicas, as notas fiscais eletrônicas de serviço emito diretamente via site da prefeitura da minha cidade aqui no Espirito Santo, porém, essa pratica me tira a possibilidade de ter relatórios de serviços prestados no meu sistema ERP, gostaria de saber o seguinte: existe algum problema em eu abrir uma ordem de serviço, fecha-la, gerar contas a receber sem que no sistema haja um vinculo com uma nota fiscal emitida, sabendo que eu emitirei essa nota fiscal de serviço diretamente no site da prefeitura, porém, no sistema constará apenas ordem de serviço e informações financeiras, isso pode me trazer problemas fiscais?

PS... Tentei fazer integração do meu sistema com o sistema de emissão de notas de serviço da prefeitura mas, não consegui ainda.