Sandra,
Então o problema de vocês, ou o seu específico, deve ser mesmo o que você disse.
Não sei dizer se é necessário fazer outra. Talvez se você consultar a atual no site da Receita, você obtém alguma resposta se a procuração está apta a assinar pela empresa. Tem um campo lá específico que diz: "Transmissão de Declarações/Arquivos, inclusive todos do CNPJ, com Assinatura Digital via Receitanet".
O passo a passo p/ cadastramento (se for necessário):
Cadastramento de Procuração Eletrônica: 
No site da RFB, http://receita.fazenda.gov.br, na aba Empresa, clicar em “Todos os serviços”, selecionar “Procuração Eletrônica e Senha para pesquisa via Internet”, “procuração eletrônica” e “continuar” ou opcionalmentehttps://cav.receita.fazenda.gov.br/scripts/CAV/login/login.asp.
1. Login com certificado digital de pessoa jurídica ou representante legal/procurador; 
2. Selecionar “Procuração eletrônica”; 
3. Selecionar “Cadastrar Procuração” ou outra opção, se for o caso; 
4. Selecionar “Solicitação de procuração para a Receita Federal do Brasil”; 
5. Preencher os dados do formulário apresentado e selecionar a opção “Transmissão de Declarações/Arquivos, inclusive todos do CNPJ, com Assinatura Digital via Receitanet ”. 
6. Para finalizar, clicar em “Cadastrar procuração”, ou “Limpar” ou “Voltar”. 
A assinatura digital será verificada quanto a sua existência, prazo e validade para a pessoa jurídica identificada na ECF, no início do processo de transmissão do arquivo digital.