Certificado digital não funciona em alguns sites

Pessoal, tem acontecido um problema frequente aqui. Em alguns sites como caixa, receita, emissão de nota fiscal, etc., mesmo estando instalado a cadeia de certificados do respectivo e do emitente do certificado, o mesmo simplesmente não é reconhecido.

A versão do java está atualizada, o nível está configurado, os sites já foram adicionados a lista de sites confiáveis. O navegador está configurado corretamente. Já tentei ligar a leitora nas outras portas usb e nada.

Isso acontece tanto nos sistemas com xp como com windows 7, alguém já viu esse problema? E pode me auxiliar a resolvê-lo?