Relação entre Valor das Faturas na NF-e e o Total da NF-e

Sou desenvolvedor para uma empresa que tem um software para automação comercial, estou com um problema, tenho uma situação em que o lojista faz uma venda de um produto que tem ICMS ST e IPI , a venda é para 30 dias, porém no momento da venda estes impostos não são inclusos em cima do valor do produto, dessa forma a duplicata gerada para o cliente fica com o valor dos produtos sem os impostos. Ao emitir a nota fiscal o sistema calcula o ICMS ST e IPI e estes alteram o valor da nota, no campo fatura da nota é informado o valor da duplicata que foi gerada pela venda, porém fica diferente do valor total da nota.

Exemplo:

1º - O lojista faz uma venda a prazo de um produto no valor de 1500 R$.
2º - O sistema gera uma duplicata com o valor de 1500$ para o cliente.
3º - O cliente precisa de Nota Fiscal, o lojista inicia a emissão, o produto vendido
tem o imposto IPI e ICMS ST no valor de 60 R$.
4º - O sistema informa no campo fatura da NF-e (campo onde é definido o tipo de pagamento utilizado pelo cliente) o valor de 1500R$
que é referente a duplicata que foi gerada no momento da venda.
5º - O sistema calcula o total da nota incluindo os impostos, o que resulta em um valor de 1560 R$.

Um contador entrou em contato conosco e nos disse que o valor da duplicata apresentada na nota fiscal não pode ser
diferente do valor total da nota fiscal.

Gostaria de saber se alguém pode me informar qual seria a maneira correta de apresentar estas informações da NF-e e se o processo de venda parece correto.

Desde já agradeço a qualquer um que se disponha a ajudar.


UP 2! Ninguem se arrisca ou pode me dizer como é feito em alguma empresa ?