Certificado

Certificado digital em dois CNPJ diferente de proprietários diferentes é permitido?

OBS: pergunto pelo seguinte motivo. Meu contador ter emitiu nota fiscal minha, com o certificado dele, me intrigou, pois tenho duas empresas registradas, mas dois proprietariados diferentes, e o mesmo (contador) me fez adquirir dois certificado a tempos atras, por não ser possível o uso para dois CNPJs de diferentes donos. como ele fez?

Carlos , se entendi seu questionamento, na receita só existe um sócio que poderá responder juridicamente a mesma. O fato de todos os sócios terem certificado não significa que todos terão poder para assinar eletronicamente muito menos todos emitirem notas.
O Certificado e-CNPJ tende-se a ser referenciado ao responsável legal pela empresa, independente se tem 3 sócios administrador, um deles para receita e responsável pela empresa.

Verifique com seu contador quem e o responsável legal, ou tente consulta no sistema da receita para verificar se existe somente um sócio administrador.

Lembrando que voce ira precisar somente do CNPJ.
link: www.receita.fazenda.gov.br
Depois de verificar o CNPJ, na mesma pagina você ira consulta no campo (CONSULTA QSA/ CAPITAL SOCIAL)

Espero ter ajudado.